蒋介石退守台湾后，为了给儿子蒋经国铺路，将特务系统的控制权交到他手中。原“国防部保密局”和“内政部调查局”经历了一次大调整，最终由蒋经国全面掌控。1956年，“内政部调查局”改隶“司法部”，而“国防部保密局”则被拆分重组为“国防部情报局”，后来又与“国防部特种情报室”合并，成立新的“国防部军事情报局”（军情局）。
军统与中统的核心区别
1. 隶属关系不同
军统属于军队系统，特务人员通常穿军装，这也是影视剧中常见的形象。而中统则直接隶属于国民党中央执行委员会，是国民党的“私人工具”，既不归政府管，也不属于军队。
2. 早期势力对比
起初，中统的势力远超军统。由于国民党党务系统长期由陈果夫、陈立夫兄弟掌控，而中统首任副局长徐恩曾又是他们的表亲，因此中统在资源和影响力上占据优势。国民党的基层党部负责人往往兼任中统的地方头目，使其触角遍布全国。相比之下，军统早期仅局限于军队内部，难以渗透到地方。
3. 抗战时期的角色转变
抗日战争期间，国民党的基层组织遭到严重打击，中统的势力也随之削弱。而军统则凭借军队背景，成为国民政府对抗日本的情报和特种作战主力，中统逐渐沦为辅助角色。
与蒋介石的关系
无论是军统还是中统，都是蒋介石的嫡系力量。军统的戴笠是蒋介石的“天子门生”，曾公开表示只效忠于蒋介石个人，而非国民党。中统的背后则是陈氏兄弟，他们与蒋介石关系密切，私下称他为“世叔”。不过，中统与蒋介石之间还隔着一层陈氏兄弟的势力，而军统则完全听命于蒋介石本人。
权力制衡的帝王术
蒋介石设立两大特务机构，本质上是为了互相牵制，防止任何一方势力过大。当中统因陈氏兄弟坐大时，蒋介石扶持军统加以制衡；当军统势力膨胀后，他又暗中支持中统。这种“分而治之”的手段，是中国古代帝王常用的权术。
蒋经国接班与特务系统的终结
蒋介石晚年为儿子接班铺路，对特务系统进行彻底改组，将军统和中统的残余势力整合，交由蒋经国全权掌控。至此，军统和中统的时代正式落幕。
总结
军统和中统就像明朝的东厂和锦衣卫，本质上是蒋介石维护统治的工具。分设两大机构的目的在于权力平衡，确保无人能威胁他的地位。最终，随着蒋经国的上位，这套体系被彻底重塑，成为台湾地区新的特务系统。
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